Com a inovação da web 2.0, algumas coisas ficaram meio obsoletas. O plugin jquery.alerts substitui as funções alert(), confirm() e prompt() do javascript de forma mais elegante e amigável ao usuário.

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$(document).ready( function() {
 
   // ALERTA
   $("#alert_button").click( function() {
      jAlert('Caixa de alerta personalizado', 'Título do alerta');
   });
 
 
   // CONFIRMAÇÃO
   $("#confirm_button").click( function() {
      jConfirm('Confirma?', 'Título da confirmação', function(r) {
         jAlert('Confirma: ' + r, 'Resultado');
      });
   });
 
   // PROMPT
   $("#prompt_button").click( function() {
      jPrompt('Escreva alguma coisa:', 'Valor pre-definido', 'Título da caixa', function(r) {
         if( r ) alert('Valor digitado ' + r);
      });
   });
 
   // EXEMPLO COM HTML
   $("#alert_button_with_html").click( function() {
      jAlert('Você pode usar HTML, como <strong>negrito</strong>, <em>italico</em> e <u>sublinhado</u>!');
   });
 
});

Links:
jquery-1.3.1.js
jquery.alerts.js
jquery.ui.draggable.js (opcional)
Exemplo Zippado

Demonstração
Ver exemplo